ایشان در نجف تحصیل کرده و مرحوم حاج آقا میر سید علی ایشان را مجتهدی مسلم و عالم و فاضلی عالی قدر می دانستند. به هنگام مراجعت ایشان به سده مردم تا کاروان سرای انوشیروان به استقبال وی رفتند و مسجد نوی درب سید را واقع در محله ی درب سید برای وی ساختند.

در این مسجد گاه مرحوم حاج سید محمد نقی مصطفوی نماز می خواند .اهالی محل میان جوی (مسجد ملاحیدر) از وی تقاضا نمودند که به آن جا آمده و پیش نماز آن مسجد شوند که پذیرفتند اهالی محل به خاطر عشق و علاقه ی خاص به ایشان حتی برای این عالم عالی قدر خانه ای پشت شهرداری سابق ساختند. این عالم جلیل ، به بافندگی نیز می پرداختند و جمله ای زیبا در جواب معترضین به کار وتلاش خود بیان فرمودند که : "نجف جهت رفع جهل بود و بافندگی جهت تامین معاش" ایشان کتابخانه ای بسیار ارزشمند در نجف اشرف داشتند.

در زمان ایشان طرح وزارت معارف برای استیلای روحانیت در سال1314 به تصویب هیئت وزیران وقت رسید و سرانجام طبق این طرح طلاب موظف به امتحان مطابق مقررات در موراد مشترک (علوم ادبی و تفسیر و علم الحدیث و اخلاق) و مواد اختصاصی مثل تاریخ ملل و نحل و فیزیک و هیئت و .. شدند.

در این زمان حتی مرحوم عالم گران قدر حاج آقا نورالله نیز خانه نشین شد. آقا شیخ محمد نجفی چون مجوز لازم را از نجف و تهران داشت از این موقعیت استفاده کرده و به لعن و دشنام ریاست انتظامات (بهادری) می پرداخت. پس از تاسیس موسسه ی وعظ و خطابه در سال 1315، معممین و وعاظ شهر نیز از عضویت در آن خودداری کرده که این نوعی مبارزه با دستگاه حاکم بود. ایشان در حال حاضر در قبرستان تخت فولاد (پولاد) اصفهان مدفون هستند. همچنین در سده گذر حاج محمد حسین نجفی یکی از مراکز مذهبی شهر محسوب می شود. "متوفی به سال 1375 ه.ق" روحش شاد و راهش پر رهرو